長門国清末藩出身の陽明学者。諱は守愚(もりなお)。号は豊浦（ほうほ）。別名は小出勝雄

豊浦郡岡枝村（現在の下関市菊川町）で清末藩士・船越孟正の子として生まれる

藩校育英館で学んだ後、日出藩の帆足万里・広瀬淡窓の元で見識を広げたことで、家督を継がず、国のために生きる道を選ぶ

1829年に長崎に行き、蘭学と医学を学ぶ

1832年には豊後高田村(現在の大分市鶴崎地区)の毛利空桑の知来館に入門している。この空桑の影響を受け、国境の防備を目的として、蝦夷地の探索を行っている

さらに、幕府の情勢を探索するために、1837年には江戸で医者になっている

1842～1843年ごろには京都に来ており、その後、塩屋の豪商・邨田柳崖（むらた りゅうがい）の手引きで大津に居を構えるようになり、塾を開いて尊皇攘夷を論じる。この頃から京都に往来する志士たちと交流するとともに、蝦夷を含めて諸国を遊歴している

そして、1853年から1854年の幕政に憂慮し、いよいよ行動に出る。このとき、行動を共にしていたことが確認できる人物として、鷹司政通、三条実萬、正親町三条実愛、中山忠能、東坊城聡長、岩倉具視、教助（京都真光院大僧正）、高橋兵部権大輔、牧治部少輔、吉田玄蕃、義天（越後勤王僧、東寺潜居）などがいる。清蔵は自著の「井蛙録」「一夕話」「海防策」「敢言録」「有道危言」で存在感を示し、その書は天皇にまで届いたともいう

1857年には同郷の小国剛蔵、入江九一、中谷正亮、久坂玄瑞、生田良佐、中村道太郎、杉山松助、山縣狂介らと書簡を交わし、密に会談をしている。清蔵は、長州と京都をつなぐような立ち位置になり、長州藩の上役であった周布政之助の上洛などにも一役を担うところとなった。

また、この頃、久坂玄瑞は清蔵と懇意にし、清蔵のことを吉田松陰に紹介した。松陰は清蔵と書簡や著書を何度か交わすことで、清蔵が有能な人物であることを悟り、長州藩に清蔵の登用を進言したが、1859年の安政の大獄で松陰が捕まり処刑されたこともあり実現しなかった

一方、清蔵も安政の大獄で危険が身に及ぶところとなり、京都にはいられなくなり、1859年正月には密かに長州に帰る。獄中の折り松陰は、清蔵にも直接二通書簡を送っているが（ちなみに、松陰は清蔵のことを先生と呼んでいる）、清蔵から送ることはなかったという。しかし、松陰の門下生たちとは連絡を取り合っていたようで、松陰の門下生たちから絶大な信頼を得ていたことがわかる

1860年3月には桜田門外の変が起こる。正確な時期がわからないが、このあたりのときに、清蔵は萩明倫館・長府敬業館・清末育英館で教えるように仰せつかる。これは、国内情勢に緊張が高まる中、清蔵を自由にしないための措置であったともいわれているが、清蔵の存在感は高まり、藩主にも進講するようになる。また、すでに何度か自身の考えを進言していたようである（『三論』）

1862年8月、萩城からの帰途、赤郷村絵堂宿にて血を吐いて急死。享年58歳。諸説あり、病死とも毒殺されたともいわれている。毒殺の場合、清蔵が、朝廷に従える公家の身でありながら源頼朝に従い鎌倉幕府に仕えた毛利氏の祖・大江広元を重臣たちの前で公然と批判したことに対して、激昂した藩士の仕業だったといわれている

清蔵の遺骸は、岡枝村の小出の祖塋に密葬された（旦那寺は龍泉寺）

1891年4月に従四位が贈位されている

（参考資料：『清末藩処士 船越清蔵先生』堀哲三郎著、山口県菊川町教育委員会刊、昭和44年）

　久坂玄瑞は船越清蔵の慰霊と墓地建立に動いています。1862年10月25日の日付で吉田玄蕃にあてた書簡が霊明神社に残っています。清蔵の墓の建立を吉田玄蕃に依頼しており、そのことに関する御礼と自分が行けないことへのお詫びをしたためています。

　そして、同年11月18日。霊明神社にて吉田玄蕃が祭主となり長州藩主の使者と50人ほどの藩士が参列し、神道葬祭を行い、清蔵の遺物を墓地に納めました。この神道葬祭は3世神主・村上都平が務めています。墓碑に刻まれた「精勇」の2文字は三条殿卿から贈られ、澤主水正宣嘉卿が揮毫しました。この一連の経緯について、吉田嘿(玄蕃)が明治27年に書付けしており、これが霊明神社に残っています。